Identifikasi molekuler isolat bakteri endofit potensial antibakteri tanaman ciplukan (Physalis angulata L.) berdasarkan gen 16S rDNA
Kata Kunci:
Analisis filogenetik, Physalis angulata L., gen 16S rDNA, SequencingAbstrak
Bakteri endofit dikategorikan sebagai bakteri non-patogen yang hidup didalam jaringan tanaman. Bakteri endofit asal tanaman ciplukan (Physalis angulata L.) kode isolat DA 1(4), BA 2(3), BA 3(1), dan BU 3(5) menghasilkan metabolit sekunder yang memiliki aktivitas sebagai antibakteri terhadap bakteri patogen Escherichia coli, Pseudomonas aureginosa dan Staphylococcus aureus. Penelitian ini bertujuan untuk mengetahui hasil analisis filogenetik bakteri endofit potensial antibakteri asal tanaman ciplukan (Physalis angulata L.) berdasarkan gen 16S rDNA. Penelitian ini diawali dengan melakukan isolasi DNA, DNA selanjutnya diamplifikasi menggunakan PCR, dilanjutkan sekuensing dengan metode Oxford Nanophore Sequencing kemudian hasil sekuensing dilakukan reskontruksi pohon filogenetik menggunakan software MEGA11 untuk mengetahui urutan kekerabatannya. Hasil penelitian yang telah dilakukan, bakteri endofit asal tanaman ciplukan kode DA 1(4) menunjukkan kekerabatan dengan Kocuria palustris strain HKG358, kode BA 2(3) dengan Staphylococcus edaphicus strain BPs2, kode BA 3(1) dengan Bacillus subtilis strain K6AP005, dan kode BU 3(5) dengan Mikrokokus sp. strain PSH12 yang semua menunjukkan kemiripan 100%.
Referensi
Alqamari. Muhammad. L., Dafini. Mawar. Tarigan., Alridiwirasih. (2017). Budidaya Tanaman Obat dan Rempah. Medan. USMU Press.
Amran. Muis., dan Suriani. (2016). “Prospek Bacillus subtilis sebagai agen pengendali hayati pathogen tular tanah pada tanaman jagung”. Jurnal penelitian dan pengembangan pertanian. Vol 35 (1).
Chang. Dingran., Kha. Tram., Ben. Li., Qian. Feng., Zhifa. Shen., Christine. H. Lee., Bruno. J. Selena., dan Yingfu. Li. (2017). Detection Of DNA Amplicons Of Polymerase Chain Reaction Using Litmus Tesr. Science Report. 7 : 3110
Chen. Y., et al. (2015). High Speed BLASTN : An accelerated MegaBLAST search tool. Nucleid Acid Research. Vol 43 (16)
Desriani, D., Safira, U. M., Bintang, M., Rivai, A., & Lisdiyanti, P. (2014). Isolasi Dan Karakterisasi Bakteri Endofit Dari Tanaman Binahong Dan Katepeng China. Jurnal Kesehatan Andalas, 3(2)
Dharmayanti. (2011). Filogenetika Molekuler : Metode Taksonomi Organisme Berdasarkan Sejarah Evolusi. Jurnal Watazoa. Vol 21 (1), 1-10.
Hashem. A., Tabassum. B., dan Fathi. Abdullah. (2019). “Bacillus subtilis : A Plant-growth promoting rizhobacterium that also impacts biotic stress”. Saudi J Biol Sci. Vol 5(4)
Huang. Chien-Hsun., Wang. C. L., Liou. J. S., Lee. A. Y., Blom. J., Huang. L., dan Watanabe. K. (2019). “Reclasification of Micrococcus aloeverae and yunnanensis as later heterothypic synonyms of Micrococcus luteus”. J Syst Evol Microbiol. Vol 69(11)
Irawan. B. (2013). Karsinologi Dengan Penjelasan Deskriptif dan Fungsional. Surabaya. Terbitan Universitas Airlangga.
Karst. S. M., et al. (2018). Retrieval Of A Million High-Quality, Full Lenght Microbial 16S and 18S rRNA Gene Sequences Without Primer Bias. Nat Biotechnol. Vol 36 (2).
Kasi. Pauline. D., et al. (2019). Identifikasi Bakteri Asam Laktat dari Limbah Cair Sagu dengan Gen 16S rRNA. Majalah Ilmiah Biologi Biosfera ; A Scientific Journal. Vol 36 (1).
Mohsen. A. A. Al. Bayatee., dan Essra Gh. Alsammak. (2022). “Phanetic and phylogenetic analysis of kocuria palustris and rizophila strans isolated from healthty thalassemia persons”. Scientific Journal Of Medical Research. Vol. 2 No. 7 (135-146.
Pangestika. Yuliandini., Anto. Budiharjo., dan Hermin Pancasakti. Kusumaningrum. (2015). “ Analisis filogenetik Curcuna zedoaria (Temu putih) berdasarkan gen Internal Transcribed Spacer (ITS)”. Jurnal Biologi. Vol. 4 No. 4
Praksh. Om., Yogesh. Nimonkar., Hitendra. Munot., Avinash. Sharma., Venkata. Ramana. V., Mahses. S. C., Yogesh. S. S. (2014). “Description of Micrococcus aloeverae sp. Nov., endophytic actinobacterium isolated from Aloe vera”. International Journal Of Systematic and Evolutionary Microbiology. Vol 66 (18)
Rang F. J., et al. (2018). From Sqiuiggle to Basepairs : Computational Approaches For Improving Nanophore Sequencing Read Accuracy. Genome Biol. Vol 19 (1).
Rustamova. Nigora., et al. (2020). Endophytic Bacteriae Associated With Medicinal Plant Vernonia anthelmintica: Diversity and Characterization. China. Journal Current Microbiology.
Rustikawati. R. Teti., dan Lilis. Supratman. (2021). Uji Antibakteri Obat Kumur Ekstrak Etanol Tanaman Ciplukan (Physalis angulata l.) Terhadap Bakteri Gram Positif. Jurnal Pendidikan dan Biologi., Vol 13 (1)
Setianah. Heni., et al. (2020). Aktivitas Antibakteri Isolat Bakteri Endofitt Asal Daun Ciplukan (Physalis angulata L.) Terhadap bakteri Escherichia coli dan Staphylococcus aureus. Jurnal Health Of Studies. Vol 5 (1).
Subari. Shmad., Razak. Sbdul., dan Sumarmin. Ramadhan. (2021). Phylogenetic Analysis of Rasbora spp. Based on The Mitochondrial DNA COI gene in Harapan Forest. Jurnal Biologi Tropis. Vol 21 (1), 89-94
Verghese. Gerlin., Jamwal. A., Sarawat. D., Sahu. C., Patel. S. S., dan Tejan. N. (2023). “Case Report: case series of kocuria palustris bacteremia among immunocompromised patient”. Journal Trop Med. Vol. 109 (5)
Vetrovsky. Thomas., and Baldrian. Petr. (2013). “The Variability of the 16S rRNA Gene in Bakterial Genomes and it Consequences for Bacterial Community Analyses. Plos One. Vol 8 (2).
Wang. Yunhao., Yue. Zhao., Audrey. Bollas., Yuru. Wang., dan Kin. Fai. Au. (2021). “Nanophore sequencing technology, bioinformatics, and application”. Nature Biotechnology. Vol. 39 No. 11
Zheng. Peijie., Chuntau. Zhou., Ding. Yuemin., Bin. Liu., Liuyi. Lu., Feng. Zhu., dan Shiwei. Duan. (2023). Nanophore sequencing technology and its aplication. Medcomm. 4(4).
