Deteksi sars-cov-2 menggunakan thermal cycler dengan metode fluorescence saliva based rt-lamp
Kata Kunci:
COVID-19, RT-LAMP, Saliva, SARS-CoV-2Abstrak
Coronavirus disease 2019 (COVID-19) merupakan penyakit gangguan sistem pernafasan akut yang disebabkan oleh virus SARS-CoV-2 (Severe Acute Respiratory Syndrome Coronavirus 2). Virus SARS-CoV-2 terus mengalami mutasi yang menyebabkan transmisinya semakin cepat, sehingga membutuhkan metode deteksi yang cepat juga untuk mencegah transmisi tersebut. Salah satu metode alternatif untuk deteksi virus SARS-CoV-2 adalah fluorescence Saliva based RT-LAMP (Reverse Transcription-Loop Mediated Isothermal Amplification). Tujuan dari penelitian ini adalah mengetahui kemampuan metode Saliva based RT-LAMP untuk deteksi virus SARS-CoV-2 di Indonesia. Penelitian ini menggunakan 3 sampel positif dan 2 sampel negatif berdasarkan uji PCR (Polymerase Chain Reaction). Gen target untuk deteksi pada penelitian ini adalah gen target ORF1ab dan 6 primer yaitu FIP, BIP, F3, B3, LF, LB. Setelah terkumpul, sampel saliva diinaktivasi. Optimasi dilakukan dengan waktu 10-60 menit dengan 2 kali ulangan. Hasil optimasi menunjukkan, metode RT-LAMP dapat bekerja secara optimal pada suhu 65oC dan waktu 45 menit. RNA hasil ekstraksi diamplifikasi dengan menggunakan thermal cycler pada suhu 65°C selama 45 menit. Visualisasi hasil dengan melihat ada tidaknya pendaran yang dapat dilihat menggunakan alat UV Transilluminator. Berdasarkan uji yang dilakukan pada sampel saliva, metode RT-LAMP mampu mendeteksi virus SARS-CoV-2. Pemeriksaan dengan metode fluorescence saliva based RT-LAMP menggunakan thermal cycler berpotensi sebagai alternatif penanganan virus SARS-CoV-2 di Indonesia.
Referensi
Abdelghany, T. M., Ganash, M., Bakri, M. M., Qanash, H., Al-Rajhi, A. M. H., & Elhussieny, N. I. (2021). SARS-CoV-2, the other face to SARS-CoV and MERS-CoV: Future predictions. Biomedical Journal, 44(1), 86–93. https://doi.org/10.1016/j.bj.2020.10.008
BNPB. (2022). Update Percepatan Penanganan COVID-19 di Indonesia.
Corman, V., Landt, O., Kaiser, M., Molenkamp, R., Meijer, A., Chu, D. K., Bleicker, T., Brünink, S., Schneider, J., Luisa Schmidt, M., GJC Mulders, D., Haagmans, B. L., van der Veer, B., van den Brink, S., Wijsman, L., Goderski, G., Romette, J.-L., Ellis, J., Zambon, M., … Chantal, R. (2020). Detection of 2019 -nCoV by RT-PCR. Euro Surveill, 25(3), 1–8.
Dudley, D. M., Newman, C. M., Weiler, A. M., Ramuta, M. D., Shortreed, C. G., Heffron, A. S., Accola, M. A., Rehrauer, W. M., Friedrich, T. C., & O’Connor, D. H. (2020). Optimizing direct RT-LAMP to detect transmissible SARS-CoV-2 from primary nasopharyngeal swab and saliva patient samples. PLoS ONE, 15(12 December). https://doi.org/10.1371/journal.pone.0244882
Esbin, M. N., Whitney, O. N., Chong, S., Maurer, A., Darzacq, X., & Tjian, R. (2020). Overcoming the bottleneck to widespread testing: A rapid review of nucleic acid testing approaches for COVID-19 detection. Rna, 26(7), 771–783. https://doi.org/10.1261/rna.076232.120
Fitri, R. R. A., . F., & Prasetio, E. (2021). Perbandingan Metode Pcr Konvensional Dengan Metode Pcr Portable Kit Untuk Deteksi Wssv Pada Udang Vannamei. Jurnal Ruaya : Jurnal Penelitian Dan Kajian Ilmu Perikanan Dan Kelautan, 9(1), 54–62. https://doi.org/10.29406/jr.v9i1.2615
Griesemer, S. B., Van Slyke, G., Ehrbar, D., Strle, K., Yildirim, T., Centurioni, D. A., Walsh, A. C., Chang, A. K., Waxman, M. J., & St. George, K. (2021). Evaluation of specimen types and saliva stabilization solutions for SARS-CoV-2 testing. Journal of Clinical Microbiology, 59(5), 1–13. https://doi.org/10.1128/JCM.01418-20
Güner, R., Hasanoğlu, İ., & Aktaş, F. (2020). Covid-19: Prevention and control measures in community. Turkish Journal of Medical Sciences, 50(SI-1), 571–577. https://doi.org/10.3906/sag-2004-146
Hu, B., Guo, H., Zhou, P., & Shi, Z. L. (2021). Characteristics of SARS-CoV-2 and COVID-19. Nature Reviews Microbiology, 19(3), 141–154. https://doi.org/10.1038/s41579-020-00459-7
Kobayashi, G. S., Brito, L. A., Moreira, D. de P., Suzuki, A. M., Hsia, G. S. P., Pimentel, L. F., de Paiva, A. P. B., Dias, C. R., Lourenço, N. C. V., Oliveira, B. A., Manuli, E. R., Corral, M. A., Cavaçana, N., Mitne-Neto, M., Sales, M. M., Dell’ Aquila, L. P., Filho, A. R., Parrillo, E. F., Mendes-Corrêa, M. C., … Passos-Bueno, M. R. (2021). A novel saliva RT-LAMP workflow for rapid identification of COVID-19 cases and restraining viral spread. Diagnostics, 11(8), 1–19. https://doi.org/10.3390/diagnostics11081400
Lahude, L. R. (2021). Literature Review : Efektivitas Metode Reverse Transcription-Loop Mediated Isothermal Amplification ( Rt-Lamp ) Sebagai Uji Alternatif Virus Sars-Cov-2. http://digilib.unisayogya.ac.id/6068/1/NASKAH PUBLIKASI IKA LAHUDE - Ika Lahude.pdf
Li, C., Tang, B., Wang, Y., & Gu, B. (2020). Laboratory diagnosis of coronavirus disease-2019 (COVID-19). Clinica Chimica Acta, 510(January), 35–46.
Nor, A. C. M., Zain, Z. M., & Noorden, M. S. A. (2023). Application and Modification of RT-LAMP for Rapid Detection of SARS-CoV-2 Viral Genome. Malaysian Journal of Medicine and Health Sciences, 18(2), 286–292. https://doi.org/10.47836/mjmhs.19.2.40
Nur, A., & Yamamoto, Z. (2022). Saliva sebagai sumber DNA genom manusia. Jurnal Kedokteran Syiah Kuala, 22(2), 126–134. https://doi.org/10.24815/jks.v22i2.23266
OptiGene Ltd. (2020). LAMP User Guide – Mastermixes & Assay Optimisation Contents LAMP User Guide. 44(0), 1–22.
Priatni, D., Alifuddin, M., & Djokosetiyanto, D. (2007). Effect of Heating at Various Temperatures for 30 Minutes on Pathogenicity of White Spot Syndrome Virus (WSSV) in Tiger Prawn (Penaeus monodon Fabr.). Jurnal Akuakultur Indonesia, 5(1), 5. https://doi.org/10.19027/jai.5.5-12
Rahayu, F., Saryono, & Nugroho, T. T. (2015). ISOLASI DNA DAN AMPLIFIKASI PCR DAERAH ITS rDNA FUNGI ENDOFIT UMBI TANAMAN DAHLIA (Dahlia variabilis) LBKURCC69. Jom Fmipa, 2(1), 100–106.
Skolimowska, K., Rayment, M., Jones, R., Madona, P., Moore, L. S. P., & Randell, P. (2020). Since January 2020 Elsevier has created a COVID-19 resource centre with free information in English and Mandarin on the novel coronavirus COVID- 19 . The COVID-19 resource centre is hosted on Elsevier Connect , the company ’ s public news and information . January.
To, K. K. W., Tsang, O. T. Y., Yip, C. C. Y., Chan, K. H., Wu, T. C., Chan, J. M. C., Leung, W. S., Chik, T. S. H., Choi, C. Y. C., Kandamby, D. H., Lung, D. C., Tam, A. R., Poon, R. W. S., Fung, A. Y. F., Hung, I. F. N., Cheng, V. C. C., Chan, J. F. W., & Yuen, K. Y. (2020). Consistent detection of 2019 novel coronavirus in saliva. Clinical Infectious Diseases, 71(15), 841–843. https://doi.org/10.1093/cid/ciaa149
Wyllie, A. L., Fournier, J., Casanovas-Massana, A., Campbell, M., Tokuyama, M., Vijayakumar, P., Warren, J. L., Geng, B., Muenker, M. C., Moore, A. J., Vogels, C. B. F., Petrone, M. E., Ott, I. M., Lu, P., Venkataraman, A., Lu-Culligan, A., Klein, J., Earnest, R., Simonov, M., … Ko, A. I. (2020). Saliva is more sensitive for SARS-CoV-2 detection in COVID-19 patients than nasopharyngeal swabs TT - Published article: Saliva or Nasopharyngeal Swab Specimens for Detection of SARS-CoV-2. MedRxiv, 2, 2020.04.16.20067835.
Yamazaki, W., Matsumura, Y., Thongchankaew-seo, U., Yamazaki, Y., & Nagao, M. (2021). Development of a point-of-care test to detect SARS-CoV-2 from saliva which combines a simple RNA extraction method with colorimetric reverse transcription loop-mediated isothermal amplification detection. Journal of Clinical Virology, 136(January).
